clustalx

今天小編就為大家?guī)��?lái)clustalx的相關(guān)資訊，希望大家能夠喜歡。CLUSTALX－是CLUSTAL多重序列比對(duì)程序的Windows版本。

ClustalX官方版是一款非常受歡迎的序列比對(duì)分析軟件，ClustalX官方版界面簡(jiǎn)潔大方，功能方便實(shí)用，被廣泛應(yīng)用于多重比對(duì)不同物種的序列，以確定該序列與其它序列間的同源性大小，使用起來(lái)簡(jiǎn)單方便。

軟件簡(jiǎn)介:

CClustal X為進(jìn)行多重序列和輪廓比對(duì)和分析結(jié)果提供一個(gè)整體的環(huán)境。

序列將顯示屏幕的窗口中。采用多色彩的模式可以在比對(duì)中加亮保守區(qū)的特征。窗口上面的下拉菜單可讓你選擇傳統(tǒng)多重比對(duì)和輪廓比對(duì)需要的所有選項(xiàng)。

Clustalx 圖一

主要功能：

你可以剪切、粘貼序列以更改比對(duì)的順序；

你可以選擇序列子集進(jìn)行比對(duì)；

你可以選擇比對(duì)的子排列(Sub-range)進(jìn)行重新比對(duì)并可插入到原始比對(duì)中；

可執(zhí)行比對(duì)質(zhì)量分析，低分值片段或異常殘基將以高亮顯示。

應(yīng)用:

Clustalx比對(duì)結(jié)果是構(gòu)建系統(tǒng)發(fā)育樹(shù)的前提

Clustalx 圖二

流程：

載入序列―>編輯序列―>設(shè)置參數(shù)―>完全比對(duì)―>比對(duì)結(jié)果

后續(xù)分析：

Clustalx比對(duì)生成的結(jié)果可讀性不是太好，一般需要專業(yè)的序列著色軟件處理，如Boxshade、ESPript，這兩個(gè)工具都是在線進(jìn)行，其中Boxshade圖解教程詳見(jiàn)本Blog日志。

轉(zhuǎn)換ALN文件，進(jìn)一步構(gòu)建系統(tǒng)發(fā)育樹(shù)，轉(zhuǎn)換格式依不同軟件而有所不同，如在PHYLIP分析前需要將ALN格式轉(zhuǎn)換為PHY格式方可...

Clustalx 圖三

注意事項(xiàng)：

dnd是向?qū)��?shù)文件，可以用TreeViews軟件查看樹(shù)圖。注意：向?qū)��?shù)不是系統(tǒng)發(fā)育樹(shù)，兩者區(qū)別敬請(qǐng)關(guān)注近期－系統(tǒng)發(fā)育分析專題。

多重比對(duì)文件推薦要求為規(guī)范的FASTA格式，文件擴(kuò)展名不限，格式大致如下：

使用說(shuō)明

下載ClustalX官方版完成后不要在壓縮包內(nèi)運(yùn)行軟件直接使用，先解壓;

軟件同時(shí)支持32位64位運(yùn)行環(huán)境;

如果軟件無(wú)法正常打開(kāi)，請(qǐng)右鍵使用管理員模式運(yùn)行。