ClustalX下載 1.83 官方版

CulsTAL X是CulsSTW多序列比對程序的Windows接口。它提供了用于執(zhí)行多個序列和輪廓對齊和分析結果的集成環(huán)境。序列對齊顯示在屏幕上的窗口中。一個多用途的著色方案已經(jīng)納入，允許您突出對齊中的保守特征。窗口頂部的下拉菜單允許您選擇傳統(tǒng)多序列和配置文件對齊所需的所有選項。

您可以剪切和粘貼序列以改變對齊的順序；您可以選擇要對齊的序列的子集；您可以選擇要重新對齊的對齊的子范圍并將其插入到原始對齊中。

可以進行對準質(zhì)量分析，并且可以突出顯示低評分段或例外殘差。

ClustalX可用于多種不同的平臺，包括：SUN Solaris、硅圖形上的IRIX5.3、DECStations上的數(shù)字UNIX、PC上的Microsoft Windows（32位）、x86 PC上的Linux ELF和Macintosh PowerMac。（請參閱安裝說明的自述文件）。

序列輸入

使用文件菜單輸入序列和配置文件（預先存在的對齊項）。無效的選項將被禁用。所有的序列必須包含在1個文件中。自動識別7種格式：NBRF/PIR、EMBL/SWISSPROT、Pearson(Fasta)、Clustal(*.aln)、GCG/MSF(Pileup)、GCG9 RSF和GDE平面文件。除了“-”之外，所有非字母字符（空格、數(shù)字、標點符號）都被忽略，而“-”用于指示MSF/RSF中的GAP（“.”）。

序列/輪廓比對

群集X有兩種模式，可以使用直接在序列顯示上方的開關來選擇：多重對齊模式和輪廓對齊模式。

要對一組序列進行多重對齊，請確保選擇多個對齊模式。然后顯示單個序列數(shù)據(jù)區(qū)域。然后，ALIGNMENT菜單允許您為對齊生成一個引導樹，或者按照該引導樹執(zhí)行多次對齊，或者執(zhí)行一次完整的多次對齊。

在輪廓對齊模式中，顯示兩個序列數(shù)據(jù)區(qū)域，允許您對齊2個對齊（稱為配置文件）。配置文件也被用來添加一個新的序列到舊的對準，或使用二級結構來引導對準過程。使用“--”字符指示舊排列中的間隙�？梢砸匀魏卧试S的格式輸入配置文件；只為每個間隙位置使用“-”（或）“MSF/RSF”。在配置文件對齊模式下，將顯示“鎖定滾動”按鈕，該按鈕允許您使用單個滾動條將兩個配置文件一起滾動。當鎖卷關閉時，兩個配置文件可以獨立滾動。

系統(tǒng)發(fā)生樹

系統(tǒng)發(fā)生樹可以從舊對齊（用“-”字符讀入以指示間隙）或在多次對齊之后計算，而對齊仍然顯示。

對齊顯示

對齊方式在屏幕上顯示，左側有序列名稱。序列比對僅用于顯示，不能在此編輯（除了通過剪切和粘貼序列名來更改序列順序之外）。

標尺顯示在序列的下面，從第一個剩余位置的1開始（忽略序列輸入文件中的剩余編號）。

對準上方的線用于標記強保守位置。使用三個字符（‘*’，‘：’和‘.'’）：

“*”表示具有單個、完全保守的殘基的位置。

“：”表示下列“強”組中的一個是完全保守的：
STA
NEQK
NHQK
NDEQ
QHRK
米爾夫
我愛熟女
HY
FYW

“”表示下列“弱”組中的一個是完全保守的：
環(huán)孢素A
沙灘車
凹陷
斯坦尼克
STPA
SGND
SNDEQK
NDEQHK
尼克爾克
FVLIM
HFY

這些都是在GunNET-PAM250矩陣中發(fā)生的積極評分組。強弱組定義為強分＞0.5，弱分＝＜0.5。

對于配置文件對齊，如果在配置文件輸入文件中找到任何數(shù)據(jù)，則二級結構和間隙懲罰掩碼顯示在序列上方。

文件信息

文件大�。�485376 字節(jié)
MD5：1FDF49B37739B19AC67C618CB13A3F31
SHA1：1231C2846F5C9A3E0BCA8B01252586A39076FB68
CRC32：7A3D4EDD

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