多序列比對工具clustalx下載安裝

如何序列對比？ClustalX(序列對比軟件)輕松幫助用戶。用于多重比對不同物種的序列，以確定該序列與其它序列間的同源性大小，適用于對核酸與蛋白序列進(jìn)行多序列比對。是生物學(xué)上用來研究分子序列的應(yīng)用程序，在對核酸與蛋白序列進(jìn)行多序列比對時就要用到它

clustalx下載安裝圖一

1、下載解壓文件，找到clustalx.msi雙擊安裝

2、選擇安裝位置C:Program Files (x86)clustalclustalx

3、準(zhǔn)備安裝，點擊install進(jìn)入安裝

4、安裝完成

clustalx下載安裝圖二

A、B、C三條序列比對。其實就是：A和B比；A和C比；B和C比

同理n條多序列比對就是做nC2次兩序列比對，因此多序列比對的本質(zhì)就是多次兩條序列比對，也就是某條序列和其余的各個序列都進(jìn)行一次比對.那么參數(shù)的設(shè)置當(dāng)然就是設(shè)置兩條序列比對時的規(guī)則就可以了.

Clustalx的多序列比對算法是基于雙序列比對的，它先將所有序列兩兩比對，然后根據(jù)兩兩比對結(jié)果構(gòu)建指導(dǎo)樹，再根據(jù)指導(dǎo)樹依次添加相似度最高的序列，直至全部序列都被加入.所以對雙序列比對參數(shù)的設(shè)置是Clustalx進(jìn)行多序列比對所必需的~

clustalx下載安裝圖三

1，從網(wǎng)上看來說CLUSTALX軟件使用的時候，開始要輸入FASTA格式準(zhǔn)備的DNA序列test.seq文件。請問這種文件怎么生成啊?記事本?

其實沒有規(guī)定的文件名，不一定是叫test.seq，任何你想要的都可以，除了中文名（下面會說明）。主要里面的內(nèi)容是正確的格式就行了~。Clustal支持的格式有多種，如NBRF/PIR，EMBL/SWISSPROT，Pearson (Fasta)，Clustal (*.aln)，GCG/MSF (Pileup)，GCG9/RSF and GDE等

2，什么使用ClustalX時，總是導(dǎo)入不了序列，出現(xiàn) ERROR:Can not open output file??

這個問題挺多人碰到過的~這是因為你導(dǎo)入的文件的路徑包含有中文名。把文件放在其它地方看看。最好路徑也不要有空格了。當(dāng)然前提是你的格式要正確了。這個問題同樣適用于ClustalW或其它dos類的軟件

3，ClustalX比對后的結(jié)果中.aln文件是什么？

這個是序列比對結(jié)果的文件。關(guān)于這部分，你可以看如何把clusterX的結(jié)果轉(zhuǎn)為漂亮的圖片

4，ClustalX比對后的結(jié)果中.dnd文件是什么？

這個文件是系統(tǒng)進(jìn)化樹文件，需要裝TreeView軟件才能看（用Dnaman也可以的），進(jìn)化樹顯示工具TreeView的下載