多序列比對(duì)軟件下載安裝教程

一款非常專業(yè)的多序列比對(duì)軟件，Jalview官方版界面簡(jiǎn)潔友好，功能實(shí)用，操作簡(jiǎn)單，用戶需要先安裝相應(yīng)的java組件才能夠正常使用，軟件可以有效地顯示、分析和跟蹤多個(gè)序列對(duì)齊，除此之外，軟件還提供了人性化的導(dǎo)入導(dǎo)出選項(xiàng)，可以以從到Fasta (Pearson)、GCG-MSF、ALN/ClustalW、AMPS塊文件、NBRF/PIR(包括MODELLER變體)或Pfam/Stockholm導(dǎo)入或?qū)С鰯?shù)據(jù)，非常的方便實(shí)用。

軟件特色

1、人性化的序列顯示方式

2、支持對(duì)文字進(jìn)行調(diào)整

3、自帶豐富的著色方案

4、支持自定義著色方案

5、可以依照保守性調(diào)整字母的顏色

6、支持導(dǎo)出保存為主流的文件格式

收起

安裝步驟

1、雙擊“install-jalview.exe”安裝

多序列比對(duì)軟件下載安裝教程圖一

2、點(diǎn)擊next出現(xiàn)安裝說(shuō)明

多序列比對(duì)軟件下載安裝教程圖二

3、一直next安裝就可以了

多序列比對(duì)軟件下載安裝教程圖三

如何設(shè)置每行顯示的殘基數(shù)?

通過(guò)在Format 菜單下，點(diǎn)擊Wrap ，可使序列窗口中的序列的展示方式由“單段”顯示變?yōu)?ldquo;分段”顯示，用鼠標(biāo)拖動(dòng)序列窗口邊緣改變窗口寬度的同時(shí)，每行顯示的殘基數(shù)隨之改變，如下圖。

多序列比對(duì)軟件下載安裝教程圖四

這里有兩種比對(duì)方式，都是很簡(jiǎn)單的命令

一種是先比對(duì)，再生成樹(shù)文件（樹(shù)的格式是Newick format，）

muscle -in mouse_J.pro -out mouse_J.pro.a

muscle -maketree -in mouse_J.pro.a -out mouse_J.phy （這里有兩種構(gòu)建樹(shù)的方式）

另外一種是比對(duì)成aln格式的數(shù)據(jù)，然后用其它軟件（phyml或者phylip）來(lái)生出樹(shù)文件

muscle -in mouse_J.pro -clwout seqs.aln

可以看到比對(duì)的效果還是蠻好的，是aln格式的比對(duì)文件，這個(gè)格式非常常用

多序列比對(duì)軟件下載安裝教程圖五

或者輸出phy格式的比對(duì)文件，

多序列比對(duì)軟件下載安裝教程圖六

保存GenBank格式的EntZEX文件，包含軌跡、定義、登錄、PID、NID、DbS源、關(guān)鍵字、源、引用、注釋和完整的特征字段。修改或添加您自己的信息。保存在GenBank格式的多個(gè)序列文件保留任何輸入信息。此信息也保存在BIOGEDIT項(xiàng)目文件格式中。

以上就是多序列比對(duì)軟件下載安裝教程。