Chemcraft是一款功能方面相當(dāng)強(qiáng)大的量子化學(xué)計(jì)算工具;Chemcraft主要是對(duì)計(jì)算準(zhǔn)備的工作、可視化的計(jì)算結(jié)果查看支持,也對(duì)其他類型的計(jì)算包含、導(dǎo)出導(dǎo)入的功能也支持。
功能說明
[圖1]
1、通過原子坐標(biāo)繪制分子的三維圖片,可以檢查或修改分子中的任何幾何參數(shù)(距離,角度);
2、Gamess,Gaussian,NWChem,ADF,Molpro,Dalton,Jaguar,Orca,QChem輸出文件的可視化:文件中各個(gè)幾何圖形的表示(優(yōu)化結(jié)構(gòu),每個(gè)優(yōu)化步驟中的幾何結(jié)構(gòu)等),振動(dòng)模式動(dòng)畫,圖形表示(對(duì)原子核的作用力),以等值面或有色平面的形式顯示分子軌道,可視化振動(dòng)或電子(如TDDFT)譜,顯示SCF收斂圖的可能性以及其他一些特征;
3、用于構(gòu)建分子和修改分子幾何的不同工具:使用標(biāo)準(zhǔn)分子片段,“拖動(dòng)”分子圖像中的原子或碎片,設(shè)置對(duì)稱點(diǎn)組的實(shí)用程序以及其他可能性;
4、以可定制的顯示模式生成分子圖像,包含所需的標(biāo)識(shí)(標(biāo)簽,線條等);
5、用于準(zhǔn)備輸入文件的一些附加實(shí)用程序:構(gòu)建Z-矩陣,自動(dòng)生成具有非標(biāo)準(zhǔn)基本集的輸入文件,將從輸出文件讀取的MO轉(zhuǎn)換為輸入文件的格式。
更多介紹
這次使用原子坐標(biāo)來進(jìn)行繪制需要的分子三維圖片
使用的過程中,可以對(duì)幾何的參數(shù)進(jìn)行修改檢查,包括了進(jìn)度、距離
并且輸出的文件采用了可視化的方式,讓查看使用簡(jiǎn)單化
對(duì)文件里面的幾何圖形進(jìn)行表示,完成對(duì)結(jié)構(gòu)的優(yōu)化
并且每一個(gè)步驟里面都有需要的幾何圖形
對(duì)振動(dòng)的模式畫面進(jìn)行選擇,讓圖形的表示更加的生動(dòng)
內(nèi)置的分子片段功能,讓您輕松的拖動(dòng)圖像里面的原子、碎片
也支持對(duì)對(duì)稱點(diǎn)組的設(shè)置,包括了實(shí)用程序的可能性查看
使用方法
1.進(jìn)入軟件的主界面,對(duì)相關(guān)的功能欄目進(jìn)行選擇;
2.支持對(duì)相關(guān)的參數(shù)進(jìn)行設(shè)置,使用鼠標(biāo)拖動(dòng)滑塊就可以完成調(diào)整;
3.點(diǎn)擊file里面的open即可打開需要使用的任務(wù)文件;
4.支持對(duì)需要使用的圖形效果進(jìn)行選擇
5.對(duì)相關(guān)的功能進(jìn)行設(shè)置選擇,建議根據(jù)使用的需求選擇;
包含文件
Chemcraft.exe
ChemCraft.exe.manifest
enigma_ide.dll
enigma_ide_x64.dll
fragments.bin
license.rtf
options.bin
regkey.txt
userdat.bin
更新日志
1、(NEW)添加了一個(gè)用于自動(dòng)修改多個(gè)高斯輸入文件的工具(用戶可以指定普通路段,關(guān)鍵字之前的關(guān)鍵字等等)。此實(shí)用程序從“工具/腳本/修改多個(gè)高斯輸入文件”菜單項(xiàng)運(yùn)行。
除此之外,該實(shí)用程序可以執(zhí)行以下操作:如果指定了一組高斯輸入文件,它將為同一文件夾中的每個(gè)輸入文件找到一個(gè)輸出文件,然后從輸出文件中獲取優(yōu)化的幾何圖形,然后插入相應(yīng)的輸入文件;
2、(新)增加了快速計(jì)算一組大分子(例如一系列同系物)的反應(yīng)能量的工具。該工具從“工具/簡(jiǎn)單工具/計(jì)算反應(yīng)的能量”菜單項(xiàng),然后按下“自動(dòng)填充表單”運(yùn)行;
3、(NEW)可以準(zhǔn)備一個(gè)高斯輸入文件,其中Z矩陣與笛卡爾坐標(biāo)組合在一起。要應(yīng)用此選項(xiàng),請(qǐng)選擇“工具/構(gòu)建Z矩陣/高斯格式”,然后構(gòu)建Z矩陣的起點(diǎn),然后選擇“用笛卡爾坐標(biāo)系完成”;
4、工具“工具/腳本/生成高斯批處理文件”和“工具/腳本/為Gamess生成.bat文件”現(xiàn)在支持從所選文件夾的所有子文件夾添加多個(gè)輸入文件;
5、保存多個(gè)MO圖像時(shí),其名稱包括MO號(hào)碼;
6、使用MECP優(yōu)化可視化Orca輸出文件的一些細(xì)節(jié);
7、修正了一個(gè)小錯(cuò)誤,它阻止了一些帶有多個(gè)結(jié)構(gòu)的.xyz文件的可視化。
8、修正了一個(gè)小錯(cuò)誤,可以防止從掃描/ irc作業(yè)(在某些情況下)中保存多個(gè)xyz文件。