Ledock下載 1.0 官方版

在前期的介紹中，小編分別為大家介紹了分子對(duì)接的案例以及適用范圍，看完之后是不是躍躍欲試呢？那么，在本期中，小編將為大家介紹一款常用分子對(duì)接軟件的使用！

分子對(duì)接（molecular docking）依據(jù)配體與受體作用的“鎖-鑰原理”(lock and key principle)，模擬小分子配體與受體生物大分子相互作用。配體與受體相互作用是分子識(shí)別的過(guò)程，主要包括靜電作用、氫鍵作用、疏水作用、范德華作用等。通過(guò)計(jì)算，可以預(yù)測(cè)兩者間的結(jié)合模式和親和力，從而進(jìn)行藥物的虛擬篩選。

考慮到大家為首次接觸分子對(duì)接軟件的操作，因此本教程選取了操作十分便捷的分子對(duì)接軟件——LeDock1，并以神經(jīng)氨酸苷酶（neuraminidase）為例，來(lái)介紹其使用。選取的蛋白配體復(fù)合物晶體結(jié)構(gòu)文件為3cl0，可從PDB數(shù)據(jù)庫(kù)上下載：http://www.rcsb.org，亦可在我們分享的網(wǎng)盤(pán)中獲取。

軟件界面

LeDock共含有2個(gè)標(biāo)簽，分別為L(zhǎng)ePro與LeDock。其中，LePro用于蛋白的處理（如刪去蛋白中的水分子、離子、金屬、配體、輔因子等），并會(huì)生成用于下一步分子對(duì)接的in文件，而LeDock則是在各項(xiàng)參數(shù)確定了之后進(jìn)行分子對(duì)接。

軟件操作

一、蛋白準(zhǔn)備

在LePro標(biāo)簽的Protein input中選擇3cl0.pdb的路徑（注意路徑中不能含有中文），然后軟件會(huì)自動(dòng)在選擇在該路徑下生成pro.pdb（處理過(guò)后的蛋白的pdb文件）及dock.in（用于下步分子對(duì)接的參數(shù)文件），點(diǎn)擊Add Hydrogen，上述2個(gè)文件就會(huì)立馬生成。

dock.in文件包括了均方根偏差（RMSD），Binding pocket及Number of binding poses。RMSD表示對(duì)接出來(lái)的構(gòu)象聚類(lèi)時(shí)RMSD的截?cái)嘀�；Binding pocket表示結(jié)合位點(diǎn)的3維坐標(biāo)，分別為xmin xmax，yminymax，zmin zmax；Numberof binding poses表示生成的構(gòu)象個(gè)數(shù)，經(jīng)聚類(lèi)后產(chǎn)生的構(gòu)象數(shù)會(huì)少于之前所生成的數(shù)目。

二、分子對(duì)接

在LeDock標(biāo)簽的Protein input，Docking input中分別指定上一步生成的pro.pdb與dock.in文件的路徑，在Ligand input中指定需要進(jìn)行對(duì)接的配體——lig.mol2的路徑（該路徑需和前兩個(gè)文件的路徑相同，且對(duì)接的分子需要為mol2格式）。比較后，點(diǎn)擊Start docking，會(huì)生成lig.dok文件（對(duì)接產(chǎn)生的化合物構(gòu)象所在文件），該文件可用Pymol來(lái)觀察化合物的構(gòu)象。

三、Pymol的使用

打開(kāi)Pymol，選擇菜單欄中的File>Open...，在文件類(lèi)型中選擇ALL Files，再找到lig.dok的文件，雙擊打開(kāi)，即可查看生成的化合物的構(gòu)象。

若要查看其與蛋白結(jié)合的情況，可再按上述方法打開(kāi)pro.pdb文件，再在圖形界面的pro欄中點(diǎn)擊S>as>cartoon，即可以cartoon的模式來(lái)顯示蛋白以得到更為清楚的圖像。

若要比較對(duì)接的精度，可以打開(kāi)3CL0.pdb文件，該晶體文件中本身便有配體，而我們也正是使用該配體進(jìn)行重對(duì)接，來(lái)評(píng)估對(duì)接的精度，在3CL0欄中點(diǎn)擊A>preset>ligand sites>cartoon，即可查看到晶體中的配體與蛋白的相互作用模式，再將生成的構(gòu)象與其比較即可判斷對(duì)接的精度。（注意：生成的構(gòu)象為lines的顯示模式，且含有氫，而晶體結(jié)構(gòu)中的配體不含氫，且此時(shí)其為sticks模式，為更好地觀察，可進(jìn)行下述操作：分別在生成的構(gòu)象對(duì)應(yīng)的欄中選擇S>as>sticks，再在3CL0欄中選擇A>hydrogens>add即可）。圖2即為晶體結(jié)構(gòu)中的配體構(gòu)象與對(duì)接后打分比較高的配體構(gòu)象，兩者是不是非常接近呢！

文件信息

文件大�。�701952 字節(jié)
MD5：407A739622A40984673F5B6BCD4D1735
SHA1：F57C029D0BD761A7FD3FECE9A6E68087D6D1AFA9
CRC32：53CCE558

相關(guān)搜索：金屬 分子 離子 配體